Здравствуйте. Вопрос заключается в следующем:
Дано строки S и S0. Удалить из строки S все подстроки, совпадающие
с S0. Если совпадающих подстрок нет, то вывести строку S без изменений.
Подскажите пожалуйста как это решить, а то я совсем запутался..

Ты покажи, как и в чем ты запутался. Распутаем ))

Но вообще, можешь еще заглянуть сюда: Многократное удаление символов из строки
Это новая статья в FAQе. После некоторой доработки все, сказанное в ней, верно и для подстрок.

И, пожалуйста, исправь название темы (ошибку).

Lapp, Ваше предложение доработки? Ввести переменную, отвечающую за подстроку, и постоянно проверять, совпадают ли эти символы с S0, с вытекающими отсюда проверками?

У меня вопрос.
Для строки baaab и подстроки aa что должно остаться после удаления? bab или bb?

А вообще план такой у меня - Кнутом-Моррисом-Праттом ищем первое вхождение, всё до него оставляем, ищём второе вхождение (после первого), копируем в начало (сразу после части, которую мы решили оставить) всё, что между первым и вторым вхождением итд.