Проект лежит в одной папке, время от времени приходится пересохранять проект в другую папку (делать резервные копии), но если выбрать Save project as и указать место новой дислокации, то туда сохранится только файл dpr и еще несколько файлов, но не модули, а если их несколько штук 10 и больше, то очень не удобно руками открывать каждый модуль и сохранять в нужную папку или опятьже вручную полностью копировать все файлы из старой папки и сохранять в другом месте, save all также не срабатывает, почему так ? Может я что-то не то делаю

Ну так и запускай backup или какой-нибудь другой архиватор (zip,rar), но только не при загруженном проекте. А еще лучше освоить какую-нибудь CVS - систему управления версиями.

Архиватор то можно, мне просто непонятно почему Delphi не сохраняет все файлы проекта когда просишь ее это сделать Ведь проект это не только файл проекта но и все остальные файлы, входящие в проект.

Дело в том что unit-ы это же изначально библиотеки, которые могут использоваться во многих проектах.